Księży Młyn Dom Wydawniczy powstał w 1995 roku. Pod obecną nazwą funkcjonuje od 2007 roku. W 2019 roku dla większej przejrzystości dokonaliśmy wydzielenia Działu Książek Naukowych.

Od początku działalności wydawnictwo publikuje książki naukowe, zarówno monografie, prace autorskie, jak i zbiorowe z zakresu historii Polski, historii regionalnej, architektury i sztuki, historii stosunków politycznych, a także szeroko rozumianej historii techniki i komunikacji. Część z tych prac to dysertacje doktorskie (np. Tajne wojny służb specjalnych II RP Roberta Witaka, „Zgody nie wyrażono”. Problem budownictwa sakralnego w diecezji łódzkiej 1945–1989 Mateusza Opalińskiego, Wrocławskie tramwaje konne Tomasza Sielickiego), a niektóre stały się podstawą nadania stopni habilitacyjnych ich autorom (np. COP. Centralny Okręg Przemysłowy 1936–1939, Łódź 2014 prof. Marcina Furtaka, Miejskie zakłady przemysłowe Wielkiego Księstwa Poznańskiego. Gazownie, Łódź 2011 prof. Mirona Urbaniaka). Wraz z początkiem naszej działalności nawiązaliśmy współpracę z uczelniami wyższymi Łodzi, z którymi nadal utrzymujemy bliski kontakt, zarówno wydawniczy, jak i promocyjno-edukacyjny. Nasz profil wydawniczy znajduje odzwierciedlenie w misji, jaką jest współtworzenie wartościowych prac naukowych, wspomaganie transferu wiedzy, jak również jej upowszechnianie i popularyzacja. Bardzo ważnym i widocznym w naszym dorobku publikacyjnym obszarem, w którym Księży Młyn Dom Wydawniczy specjalizuje się naukowo jako jedna z dwóch-trzech w kraju, jest tematyka związana z historią komunikacji. Publikujemy opracowania monograficzne z zakresu historii techniki (dotyczące kolejnictwa, dziejów motoryzacji, hydrotechniki). Istotnym aspektem naszej działalności jest wydawanie reprintów dzieł istotnych dla nauki, a zarazem mających walor popularyzatorski (kluczowa pozostaje tutaj pomnikowa praca międzywojenna XX-lecie komunikacji w Polsce Odrodzonej, Kraków 1939). Znaczną część naszych wydawnictw stanowią prace poświęcone najnowszym dziejom Polski, poprzez które przybliżamy ważne dla historii postaci (dowódców wojskowych, powstańców, żołnierzy wyklętych), nieznane świadectwa dotyczące II wojny światowej i czasów komunizmu.

Księży Młyn Dom Wydawniczy – Dział Książek Naukowych współpracuje z pracownikami naukowymi instytucji naukowych, wśród których znalazły się Uniwersytet Warszawski, Uniwersytet Łódzki, Politechnika Łódzka, Akademia Sztuk Pięknych w Gdańsku, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Instytut Pamięci Narodowej, Uniwersytet Wrocławski, Politechnika Wrocławska, Politechnika Krakowska czy Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu. Poza wiodącymi uczelniami polskimi, nasze Wydawnictwo opublikowało kilkadziesiąt prac naukowych uczonych z Europy Środkowej, m.in. z Slovenská technická univerzita v Bratislave, Univerzita sv. Cyrila a Metoda v Trnave, Univerzity Komenského v Bratislave. Współpraca ta odzwierciedla jeden z elementów profilu naukowego naszego Wydawnictwa, którego celem jest promowanie nauki środkowoeuropejskiej. O uznaniu tej aktywności świadczy wysoki indeks cytowalności wydawanych przez nas publikacji. Wyszukiwarki Google Scholar czy Publish or Perish w latach 2000–2019 zindeksowały 48 dokumentów i wskazały 56 cytowań, z których uzyskano w badanym okresie h-idex równy 4, natomiast najwyżej oceniona pozycja z 2015 roku cytowana była 19-krotnie. Kilka kolejnych wysoko indeksowanych pozycji stanowiły książki o zasięgu międzynarodowym.
Na zakończenie warto też dodać, że wraz z Archiwum Państwowym w Lesznie opublikowane zostały materiały źródłowe do dziejów kilku miast polskich (np. Kościana, Leszna czy Wschowy), a wysoka jakość publikacji została doceniona m.in. przez ogólnopolskie Stowarzyszenie Konserwatorów Zabytków, co zaprocentowało też nagrodami Generalnego Konserwatora Zabytków (prace prof. Mirona Urbaniaka i dra Emiliana Prałata).
Wydana przez nas książka Michała Pszczółkowskiego Kresy nowoczesne. Architektura na ziemiach wschodnich II Rzeczypospolitej 1921–1939 uzyskała tytuł w kategorii „Najlepsza książka naukowa poświęcona dziejom Polski i Polaków w XX wieku” w X edycji konkursu „Książka Historyczna Roku” o Nagrodę im. Oskara Haleckiego. Organizatorami wydarzenia były Telewizja Polska, Polskie Radio, Instytut Pamięci Narodowej i Narodowe Centrum Kultury. Honorowy patronat nad uroczystością objął Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Andrzej Duda.